A Portuguesa dos Desportos foi o clube no qual Ian Custódio começou o trajeto futebolístico, que, a partir dos 12 anos, seria em exclusivo no Palmeiras. O lateral foi uma das principais figuras dos escalões jovens do emblema paulista, pelo qual conquistou o Campeonato Brasileiro sub-20, a Copa do Brasil sub-20 e a Copa São Paulo de Futebol Júnior.

As boas exibições valeram-lhe inclusivamente a chamada à equipa principal do Palmeiras e a oportunidade de celebrar o título de campeão do Brasileirão e disputar a Taça dos Libertadores no decorrer da última temporada. Do currículo do defesa consta ainda as internacionalizações pelas seleções jovens do Brasil.